### R code from vignette source 'rnaSeqMap.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: camelRegions (eval = FALSE)
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##         rs <- newSeqReads(ch,st, en, str);
##         rs <- getBamData(rs,idx.both, cvd=cvd)
##         nd <- getCoverageFromRS(rs, idx.both) 


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### code chunk number 2: camel1 (eval = FALSE)
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##  idxT <- which(samples$condition=="T")
##  idxC <- which(samples$condition=="C")


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### code chunk number 3: camel2 (eval = FALSE)
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##  regions.gR <- rnaSeqMap:::.fiveCol2GRanges(tmp)


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### code chunk number 4: camel3 (eval = FALSE)
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##  regionsCamelMeasures <- gRanges2CamelMeasures(regions.gR,samples,idxT,idxC,sums=sums,progress=10)


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### code chunk number 5: camel4 (eval = FALSE)
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## idx <- which(regionsCamelMeasures[,"covDensC1"]>10 | regionsCamelMeasures[,"covDensC1"]>10)
## regionsCamelMeasures <- regionsCamelMeasures[idx, ]


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### code chunk number 6: camel5 (eval = FALSE)
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## o <- order(regionsCamelMeasures[,"QQ.mm"], decreasing=T)
## regionsCamelMeasures <- regionsCamelMeasures [o, ] 


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### code chunk number 7: Lindell (eval = FALSE)
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## nd.AL <- findRegionsAsND(nd, 15, minsup=5)