### R code from vignette source 'Manual.Rnw'

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### code chunk number 1: Manual.Rnw:29-33
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library("HDTD")
data(VEGFmouse)
dim(VEGFmouse)
rownames(VEGFmouse)


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### code chunk number 2: Manual.Rnw:36-37
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colnames(VEGFmouse)[1:18]


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### code chunk number 3: Manual.Rnw:42-43
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meanmat.ts(VEGFmouse,40,group.sizes=9,voi="columns")


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### code chunk number 4: Manual.Rnw:46-49
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colnames(VEGFmouse)[1:9]
VEGForder <- orderdata(VEGFmouse,40,order.cols=c(1,4,5,8,2,3,6,7,9)) 
colnames(VEGForder)[1:9]


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### code chunk number 5: Manual.Rnw:52-53
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meanmat.ts(VEGForder,40,group.sizes=c(4,1,1,1,1,1),voi="columns")


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### code chunk number 6: Manual.Rnw:57-59
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sample.mean <- meanmat.hat(VEGFmouse,40)
sample.mean


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### code chunk number 7: Manual.Rnw:62-63
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head(round(sample.mean$estmeanmat,4),n=10)


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### code chunk number 8: Manual.Rnw:67-69
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estcovmat <- covmat.hat(datamat = VEGFmouse, N = 40, shrink = "both", centered = FALSE)
estcovmat


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### code chunk number 9: Manual.Rnw:72-73
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round(estcovmat$cols.covmat,4)


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### code chunk number 10: Manual.Rnw:76-77
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covmat.ts(datamat = VEGFmouse, N = 40, voi = "columns", centered = FALSE)


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### code chunk number 11: Manual.Rnw:81-82
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citation("HDTD")


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### code chunk number 12: Manual.Rnw:85-86
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sessionInfo()