### R code from vignette source 'eudysbiome.Rnw'

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### code chunk number 1: eudysbiome.Rnw:62-68
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library("eudysbiome")
data(diffGenera)
head(diffGenera)

data(harmGenera)
annotation = microAnnotate(diffGenera, annotated.micro = harmGenera)


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### code chunk number 2: pseudoCartesian
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data(microDiff)
microDiff
attach(microDiff)

par(mar = c(6,5.1,4.1,6))
pseudoCartesian(data ,micro.anno = micro.anno,comp.anno= comp.anno,
                unknown=TRUE,point.col = c("blue","purple","orange"))


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### code chunk number 3: microCount
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microCount = contingencyCount(data ,micro.anno = micro.anno, 
                              comp.anno= comp.anno)


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### code chunk number 4: test
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microTest = contingencyTest(microCount,alternative ="greater")
microTest["Chisq.p"]
microTest["Fisher.p"]


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### code chunk number 5: sessionInfo
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toLatex(sessionInfo())