### R code from vignette source 'MGFR.Rnw'

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### code chunk number 1: MGFR.Rnw:56-58
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library("MGFR")
ls("package:MGFR")


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### code chunk number 2: MGFR.Rnw:114-115
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options(width=60)


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### code chunk number 3: MGFR.Rnw:117-120
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data("ref.mat")
dim(ref.mat)
colnames(ref.mat)


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### code chunk number 4: reference
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library(MGFR)
data("ref.mat")
markers.list <- getMarkerGenes.rnaseq(ref.mat, class.vec = colnames(ref.mat),samples2compare="all", annotate=TRUE, gene.ids.type="ensembl", score.cutoff=1)
names(markers.list)
# show the first 20 markers of liver
markers.list[["liver_markers"]][1:20]


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### code chunk number 5: sessionInfo
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sessionInfo()