### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: vignette.Rnw:97-98
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library(TRONCO)


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:112-114
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types.add("gain", "cornflowerblue")
types.add("loss", "brown1")


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:141-142
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 events.load("events.txt")


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:155-157
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data(ov.cgh)
data.load(ov.cgh)


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:158-159
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str(data.values)


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:185-186
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topology <- tronco.caprese(data.values, lambda=0.5)


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### code chunk number 7: vignette.Rnw:201-204
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topology
tronco.plot(topology, title="Ovarian cancer progression with CAPRESE", legend.title="CGH events", 
	legend.coeff = 1.0, label.coeff = 1.2, legend = TRUE)


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### code chunk number 8: vignette.Rnw:243-244
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 confidence.data.single(topology)


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### code chunk number 9: vignette.Rnw:246-247
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 confidence.data.joint(topology)


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### code chunk number 10: vignette.Rnw:249-250
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 confidence.data.conditional(topology)


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### code chunk number 11: vignette.Rnw:261-262
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confidence.single(topology)


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### code chunk number 12: vignette.Rnw:264-265
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confidence.joint(topology)


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### code chunk number 13: vignette.Rnw:267-268
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confidence.conditional(topology)


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### code chunk number 14: vignette.Rnw:283-285
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set.seed(12345)
topology <- tronco.bootstrap(topology, type="non-parametric", nboot=1000)


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### code chunk number 15: vignette.Rnw:287-288
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tronco.bootstrap.show(topology)


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### code chunk number 16: vignette.Rnw:298-300
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set.seed(12345)
topology <- tronco.bootstrap(topology, type="parametric", nboot=1000)


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### code chunk number 17: vignette.Rnw:302-303
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tronco.bootstrap.show(topology)


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### code chunk number 18: vignette.Rnw:315-317
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tronco.plot(topology, title="Ovarian cancer progression with CAPRESE", legend.title="CGH events", 
	legend.coeff = 1.0, label.coeff = 1.2, legend = TRUE, confidence = TRUE)