### R code from vignette source 'SigCheck.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: loadData
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library(breastCancerNKI)
data(nki)
nki


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### code chunk number 3: showPhenoData
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varLabels(nki)


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### code chunk number 4: tDMFS
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nki$t.dmfs


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### code chunk number 5: eDMFS
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nki$e.dmfs


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### code chunk number 6: excludeNA
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dim(nki)
nki <- nki[,!is.na(nki$e.dmfs)]
dim(nki)


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### code chunk number 7: loadKnown
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library(SigCheck)
data(knownSignatures)
names(knownSignatures)


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### code chunk number 8: getVANTVEER
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names(knownSignatures$cancer)
vantveer <- knownSignatures$cancer$VANTVEER
vantveer


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### code chunk number 9: showFeatureAnno
###################################################
fvarLabels(nki)


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### code chunk number 10: sigCheckSurvival
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check <- sigCheck(nki, classes="e.dmfs", survival="t.dmfs",
                  signature=knownSignatures$cancer$VANTVEER,
                  annotation="HUGO.gene.symbol",
                  validationSamples=101:ncol(nki)) 
check


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### code chunk number 11: survivalPval
###################################################
check@survivalPval


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### code chunk number 12: sigCheckAllSurvivalNoeval (eval = FALSE)
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## nkiResults <- sigCheckAll(check, iterations=1000) 


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### code chunk number 13: loadResults
###################################################
data(nkiResults)


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### code chunk number 14: sigCheckPlotSurvival
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sigCheckPlot(nkiResults)


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### code chunk number 15: sigCheckPlotSurvivalRes
###################################################
names(nkiResults)


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### code chunk number 16: sigCheckPlotSurvivalPvals
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nkiResults$checkRandom$checkPval
nkiResults$checkKnown$checkPval
nkiResults$checkPermutedSurvival$checkPval
nkiResults$checkPermutedFeatures$checkPval


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### code chunk number 17: sigCheckHi
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par(mfrow=c(2,2))
p5 <-sigCheck(check,
              scoreMethod="High",threshold=.5,
              plotTrainingKM=F)@survivalPval

p66 <-sigCheck(check,
              scoreMethod="High",threshold=.66,
              plotTrainingKM=F)@survivalPval

p33 <-sigCheck(check,
              scoreMethod="High",threshold=.33,
              plotTrainingKM=F)@survivalPval
p33.66 <-sigCheck(check,
              scoreMethod="High",threshold=c(.33,.66),
              plotTrainingKM=F)@survivalPval
p5
p66
p33
p33.66


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### code chunk number 18: sigCheckSurvivalClass
###################################################
check <- sigCheck(check, scoreMethod="classifier") 
check@survivalPval


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### code chunk number 19: sigCheckClassifier
###################################################
check <- sigCheck(nki, classes="e.dmfs",
                  signature=knownSignatures$cancer$VANTVEER,
                  annotation="HUGO.gene.symbol",
                  validationSamples=101:ncol(nki),
                  scoreMethod="classifier") 
check


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### code chunk number 20: sigCheckClassifierStats
###################################################
check@sigPerformance
check@modePerformance
check@confusion


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### code chunk number 21: sigCheckClassify (eval = FALSE)
###################################################
## classifyRandom <- sigCheckRandom(check, iterations=1000)
## classifyKnown <- sigCheckKnown(check)


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### code chunk number 22: loadClassifyResults
###################################################
data(classifyResults)


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### code chunk number 23: sigClassifyPlot
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par(mfrow=c(1,2))
sigCheckPlot(classifyRandom, classifier=TRUE)
sigCheckPlot(classifyKnown,  classifier=TRUE)


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### code chunk number 24: multicoreparam
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CoresToUse <- 6
library(BiocParallel)
mcp <- MulticoreParam(workers=CoresToUse)
register(mcp, default=TRUE)


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### code chunk number 25: setcores
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options(mc.cores=CoresToUse)


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### code chunk number 26: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())