### R code from vignette source 'PROPER.Rnw'

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### code chunk number 1: style
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    BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)


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### code chunk number 2: PROPER.Rnw:123-126 (eval = FALSE)
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##   library(PROPER)
##   sim.opts.Cheung = RNAseq.SimOptions.2grp(ngenes = 20000, p.DE=0.05,
##     lOD="cheung", lBaselineExpr="cheung")


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### code chunk number 3: PROPER.Rnw:130-132 (eval = FALSE)
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##   sim.opts.Bottomly = RNAseq.SimOptions.2grp(ngenes = 20000, p.DE=0.05,
##     lOD="bottomly", lBaselineExpr="bottomly")


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### code chunk number 4: PROPER.Rnw:182-184 (eval = FALSE)
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##   simres = runSims(Nreps = c(3, 5, 7, 10), sim.opts=sim.opts.Cheung,
##     DEmethod="edgeR", nsims=20)


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### code chunk number 5: PROPER.Rnw:217-219 (eval = FALSE)
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##   powers = comparePower(simres, alpha.type="fdr", alpha.nominal=0.1,
##     stratify.by="expr", delta=0.5)


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### code chunk number 6: PROPER.Rnw:227-228 (eval = FALSE)
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##   summaryPower(powers)


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### code chunk number 7: PROPER.Rnw:252-253 (eval = FALSE)
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##   plotPower(powers)


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### code chunk number 8: PROPER.Rnw:269-270 (eval = FALSE)
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##   plotPowerTD(powers)


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### code chunk number 9: PROPER.Rnw:282-283 (eval = FALSE)
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##   plotFDcost(powers)


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### code chunk number 10: PROPER.Rnw:293-294 (eval = FALSE)
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##   plotAll(powers)


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### code chunk number 11: PROPER.Rnw:310-311 (eval = FALSE)
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##   power.seqDepth(simres, powers)


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### code chunk number 12: PROPER.Rnw:342-345 (eval = FALSE)
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##   powers = comparePower(simres, alpha.type="fdr", alpha.nominal=0.1,
##     strata = c(0, 10, 2^(1:7)*10, Inf), filter.by="expr",
##     strata.filtered=1, stratify.by="expr", delta=0.5)


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### code chunk number 13: PROPER.Rnw:376-378 (eval = FALSE)
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##     powers = comparePower(simres, alpha.type="fdr", alpha.nominal=0.1,
##       stratify.by="dispersion", target.by="effectsize", delta=1)


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### code chunk number 14: PROPER.Rnw:389-391 (eval = FALSE)
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##     powers = comparePower(simres, alpha.type="pval", alpha.nominal=0.001,
##       stratify.by="dispersion", target.by="effectsize", delta=1)


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### code chunk number 15: PROPER.Rnw:403-404
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sessionInfo()