### R code from vignette source 'vignettes/MLSeq/inst/doc/MLSeq.Rnw'
### Encoding: UTF-8

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### code chunk number 1: MLSeq.Rnw:29-31
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require(knitr)
opts_chunk$set(cache = TRUE, dev = "pdf")


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### code chunk number 2: MLSeq.Rnw:46-47
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library(MLSeq)


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### code chunk number 3: chunk1
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filepath = system.file("extdata/cervical.txt", package = "MLSeq")
filepath


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### code chunk number 4: chunk2
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cervical = read.table(filepath, header=TRUE)


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### code chunk number 5: chunk3
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head(cervical[,1:5])


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### code chunk number 6: chunk4
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class(cervical)
dim(cervical)


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### code chunk number 7: chunk5
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options(width = 63)


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### code chunk number 8: chunk6
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class = data.frame(condition = factor(rep(c("N","T"), c(29,29))))
as.factor(class[,1])


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### code chunk number 9: chunk7
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data = cervical[c(1:150),]


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### code chunk number 10: chunk8
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nTest = ceiling(ncol(data)*0.2)  
set.seed(12345) 
ind = sample(ncol(data), nTest, FALSE)


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### code chunk number 11: chunk9
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data.train = data[,-ind]    
data.train = as.matrix(data.train + 1)
classtr = data.frame(condition = class[-ind,])


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### code chunk number 12: chunk10
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data.test = data[,ind]
data.test = as.matrix(data.test + 1)
classts = data.frame(condition = class[ind,])


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### code chunk number 13: chunk11
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dim(data.train)
dim(data.test)


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### code chunk number 14: chunk12
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data.trainS4 = DESeqDataSetFromMatrix(countData = data.train,
colData = classtr, formula(~condition))
data.trainS4 = DESeq(data.trainS4, fitType="local")
data.trainS4


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### code chunk number 15: chunk13
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data.testS4 = DESeqDataSetFromMatrix(countData = data.test,
colData = classts, formula(~condition))
data.testS4 = DESeq(data.testS4, fitType = "local") 
data.testS4