### R code from vignette source 'vignettes/DupChecker/inst/doc/DupChecker.Rnw'

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### code chunk number 1: quick
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library(DupChecker)

## Create a "DupChecker" directory under temporary directory
rootDir<-paste0(dirname(tempdir()), "/DupChecker")
dir.create(rootDir, showWarnings = FALSE)
message(paste0("Downloading data to  ", rootDir, " ..."))

geoDownload(datasets=c("GSE1478"), targetDir=rootDir)
arrayExpressDownload(datasets=c("E-MEXP-3872"), targetDir=rootDir)

datafile<-buildFileTable(rootDir=rootDir, filePattern="cel$")
result<-validateFile(datafile)
if(result$hasdup){
  duptable<-result$duptable
  write.csv(duptable, file=paste0(rootDir, "/duptable.csv"))
}


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### code chunk number 2: download
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datatable<-geoDownload(datasets = c("GSE1478"), targetDir=rootDir)
datatable

datatable<-arrayExpressDownload(datasets=c("E-MEXP-3872"), targetDir=rootDir)
datatable


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### code chunk number 3: buildFileTable
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datafile<-buildFileTable(rootDir=rootDir, filePattern="cel$")


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### code chunk number 4: validateFile
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result<-validateFile(datafile)
if(result$hasdup){
  duptable<-result$duptable
  write.csv(duptable, file=paste0(rootDir, "/duptable.csv"))
}


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### code chunk number 5: realexample (eval = FALSE)
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## library(DupChecker)
## 
## rootDir<-paste0(dirname(tempdir()), "/DupChecker_RealExample")
## dir.create(rootDir, showWarnings = FALSE)
## 
## geoDownload(datasets = c("GSE14333", "GSE13067", 
##                          "GSE17538"), targetDir=rootDir)
## datafile<-buildFileTable(rootDir=rootDir, filePattern="cel$")
## result<-validateFile(datafile)
## if(result$hasdup){
##   duptable<-result$duptable
##   write.csv(duptable, file=paste0(rootDir, "/duptable.csv"))
## }