### R code from vignette source 'vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: SetUp Session ################################################### library(rtracklayer) session <- browserSession() ################################################### ### code chunk number 2: Choose Genome ################################################### head(ucscGenomes()) ################################################### ### code chunk number 3: Set Genome ################################################### genome(session) <- "hg18" ################################################### ### code chunk number 4: Check Available Tracks ################################################### head(trackNames(session)) ################################################### ### code chunk number 5: Simple Query (eval = FALSE) ################################################### ## query <- ucscTableQuery(session, "refGene") ################################################### ### code chunk number 6: Get Table (eval = FALSE) ################################################### ## head(getTable(query)) ################################################### ### code chunk number 7: Access SNPs ################################################### query <- ucscTableQuery(session, "snp130", GenomicRanges(57795963, 57815592, "chr12")) head(getTable(query)) ################################################### ### code chunk number 8: SessionInfo ################################################### sessionInfo()