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### chunk number 1: Setup
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#line 48 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"
library("yeastExpData")
library("RBGL")
require("Rgraphviz", quietly=TRUE)
data(ccyclered)


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### chunk number 2: makeClusterGraph
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#line 77 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"

clusts =  split(ccyclered[["Y.name"]],
                         ccyclered[["Cluster"]])

cg1 = new("clusterGraph",
        clusters = lapply(clusts, as.character))

ccClust = connComp(cg1)



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### chunk number 3: litGraph
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#line 104 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"

 data(litG)

 ccLit = connectedComp(litG)

 cclens = sapply(ccLit, length)

 table(cclens)

 ccL2 = ccLit[cclens>1]
 ccl2 = cclens[cclens>1]



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### chunk number 4: createSubG
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#line 123 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"

 sG1 = subGraph(ccL2[[5]], litG)

 sG2 = subGraph(ccL2[[1]], litG)



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### chunk number 5: subGraphs
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#line 134 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"
  if (require("Rgraphviz"))
     plot(sG1, "neato")


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### chunk number 6: sG2
###################################################
#line 145 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"
  if (require("Rgraphviz"))
    plot(sG2, "neato")


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### chunk number 7: intersect
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#line 185 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"

 commonG = intersection(litG, cg1)

 commonG




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### chunk number 8: edgePerm
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#line 207 "vignettes/yeastExpData/inst/doc/yeastExample.Rnw"

ePerm = function (g1, g2, B=500) {
 ans = rep(NA, B)
 n1 = nodes(g1)

 for(i in 1:B) {
    nodes(g1) = sample(n1)
    ans[i] = numEdges(intersection(g1, g2))
 }
 return(ans)
}

set.seed(123)

##takes a long time
#nPdist = ePerm(litG, cg1)
data(nPdist)
max(nPdist)