###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 78 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
library(pint)
data(chromosome17)


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
#line 113 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
models <- screen.cgh.mrna(geneExp, geneCopyNum, windowSize = 10, chr = 17, arm = 'q')


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 144 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
plot(models, showTop = 10)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 159 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
topGenes(models, 5)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 179 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
model <- topModels(models)
plot(model, geneExp, geneCopyNum)


###################################################
### chunk number 6: details
###################################################
#line 233 "vignettes/pint/inst/doc/depsearch.Rnw"
sessionInfo()