################################################### ### chunk number 1: loadLibAndData ################################################### #line 45 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" options(width=100) library(phenoTest) data(eset) eset ################################################### ### chunk number 2: preprocess ################################################### #line 60 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" Tumor.size <- rnorm(ncol(eset),50,2) pData(eset) <- cbind(pData(eset),Tumor.size) pData(eset)[1:20,'lymph.node.status'] <- 'positive' ################################################### ### chunk number 3: setVars2test ################################################### #line 86 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" head(pData(eset)) survival <- matrix(c("Relapse","Months2Relapse"),ncol=2,byrow=TRUE) colnames(survival) <- c('event','time') vars2test <- list(survival=survival,categorical='lymph.node.status',continuous='Tumor.size') vars2test ################################################### ### chunk number 4: runExpressionPhenoTest ################################################### #line 98 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" epheno <- ExpressionPhenoTest(eset,vars2test,p.adjust.method='none') epheno ################################################### ### chunk number 5: pValueAdjust ################################################### #line 107 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" p.adjust.method(epheno) epheno <- pAdjust(epheno,method='BH') p.adjust.method(epheno) ################################################### ### chunk number 6: ephenoSubsetByName ################################################### #line 135 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" phenoNames(epheno) epheno[,'Tumor.size'] epheno[,2] epheno[,c(FALSE,FALSE,TRUE)] ################################################### ### chunk number 7: ephenoSubsetByClass ################################################### #line 146 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" phenoClass(epheno) epheno[,phenoClass(epheno)=='survival'] ################################################### ### chunk number 8: ephenoGetMeans ################################################### #line 157 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" head(getMeans(epheno)) ################################################### ### chunk number 9: ephenoGetSummaries ################################################### #line 171 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" head(getSummaryDif(epheno)) head(getFc(epheno)) head(getHr(epheno)) ################################################### ### chunk number 10: ephenoGetPvals ################################################### #line 185 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" head(getPvals(epheno)) ################################################### ### chunk number 11: ephenoGetVars2test ################################################### #line 193 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" getVars2test(epheno) ################################################### ### chunk number 12: getSignatures ################################################### #line 211 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" sign1 <- featureNames(eset)[100:160] sign2 <- featureNames(eset)[300:320] mySignature <- list(sign1,sign2) names(mySignature) <- c('My first signature','Another signature') mySignature ################################################### ### chunk number 13: makeGeneSets ################################################### #line 227 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" library(GSEABase) myGeneSetA <- GeneSet(geneIds=sign1, setName='My first signature') myGeneSetB <- GeneSet(geneIds=sign2, setName='Another signature') mySignature <- GeneSetCollection(myGeneSetA,myGeneSetB) mySignature ################################################### ### chunk number 14: barplotSignifSignatures ################################################### #line 247 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.85) ################################################### ### chunk number 15: barplotSignifSignatures ################################################### #line 252 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 247 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#252#" barplotSignifSignatures(epheno[,'lymph.node.status'],mySignature,alpha=0.85) #line 253 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" ################################################### ### chunk number 16: barplotSignatures ################################################### #line 292 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature) ################################################### ### chunk number 17: barplotSignatures ################################################### #line 297 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 292 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#297#" barplotSignatures(epheno[,'Tumor.size'],mySignature) #line 298 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" ################################################### ### chunk number 18: heatmapPhenoTestHeat ################################################### #line 315 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test,heat.kaplan='heat') ################################################### ### chunk number 19: heatmapPhenoTestHeatPvals ################################################### #line 320 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" pvals ################################################### ### chunk number 20: heatmapPhenoTestHeat ################################################### #line 327 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 315 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#327#" pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test,heat.kaplan='heat') #line 328 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" ################################################### ### chunk number 21: heatmapPhenoTestKaplan ################################################### #line 340 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test,heat.kaplan='kaplan') ################################################### ### chunk number 22: heatmapPhenoTestKaplanPvals ################################################### #line 345 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" pvals ################################################### ### chunk number 23: heatmapPhenoTest2 ################################################### #line 352 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 340 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#352#" pvals <- heatmapPhenoTest(eset,mySignature[[1]],vars2test=vars2test,heat.kaplan='kaplan') #line 353 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" ################################################### ### chunk number 24: gsea ################################################### #line 385 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" set.seed('777') my.gseaSignatures <- gseaSignatures(x=epheno,signatures=mySignature,B=1000) my.gseaSignatures my.gseaSignificance <- gseaSignificance(my.gseaSignatures,p.adjust='BH') my.gseaSignificance my.summary <- summary(my.gseaSignificance) my.summary ################################################### ### chunk number 25: gseaPlot ################################################### #line 399 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" plot(my.gseaSignatures,my.gseaSignificance) ################################################### ### chunk number 26: plotGseaPrepare ################################################### #line 410 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" my.gseaSignatures <- gseaSignatures(x=epheno[,'Relapse'],signatures=mySignature[1],B=100) my.gseaSignificance <- gseaSignificance(my.gseaSignatures,p.adjust='BH') summary(my.gseaSignificance) ################################################### ### chunk number 27: plotGseaEs ################################################### #line 415 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" plot(my.gseaSignatures,my.gseaSignificance,es.nes='es') ################################################### ### chunk number 28: plotGsea ################################################### #line 420 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 415 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#420#" plot(my.gseaSignatures,my.gseaSignificance,es.nes='es') #line 421 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" ################################################### ### chunk number 29: plotGseaWilcoxPrepare ################################################### #line 444 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" my.gseaSignatures <- gseaSignatures(x=epheno[,'Relapse'],signatures=mySignature[1],B=100,test='wilcox') my.gseaSignificance <- gseaSignificance(my.gseaSignatures,p.adjust='BH') summary(my.gseaSignificance) ################################################### ### chunk number 30: plotGseaWilcox ################################################### #line 449 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" plot(my.gseaSignatures,my.gseaSignificance) ################################################### ### chunk number 31: plotGseaWilcox ################################################### #line 454 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw" #line 449 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw#from line#454#" plot(my.gseaSignatures,my.gseaSignificance) #line 455 "vignettes/phenoTest/inst/doc/phenoTest.Rnw"