###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 56 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
  figdir <- 'figs'
  dir.create(figdir, showWarnings=FALSE)


###################################################
### chunk number 2: data
###################################################
#line 90 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
library(clstutils)

expand <- function(fname){
  orig.dir <- getwd()
  destdir <- tempdir()
  setwd(destdir)
  archive <- system.file('extdata','vaginal_16s.refpkg.tar.bz2', package='clstutils')
  system(sprintf('tar --no-same-owner -xjf "%s"', archive))
  setwd(orig.dir)
  file.path(destdir, fname)
}

refpkg <- expand('vaginal_16s.refpkg')
placefile <- system.file('extdata','merged.json', package='clstutils')
distfile <- system.file('extdata','merged.distmat.bz2', package='clstutils')


###################################################
### chunk number 3: treeDists
###################################################
#line 117 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
treedists <- treeDists(distfile=distfile, placefile=placefile)


###################################################
### chunk number 4: taxonomyFromRefpkg
###################################################
#line 128 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
taxdata <- taxonomyFromRefpkg(refpkg, seqnames=rownames(treedists$dmat), lowest_rank='species')


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 142 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
placetab <- data.frame(at=49, edge=5.14909e-07, branch=5.14909e-07)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 152 "vignettes/clstutils/inst/doc/pplacerDemo.Rnw"
cdata <- classifyPlacements(taxdata, treedists, placetab)
cdata