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### chunk number 1: R.hide
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#line 52 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
library(beadarraySNP)


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### chunk number 2: Samplesheet
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#line 68 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
datadir <- system.file("testdata", package="beadarraySNP")
readLines(paste(datadir,"4samples_opa4.csv",sep="/"))


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### chunk number 3: Import
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#line 73 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
SNPdata <- read.SnpSetIllumina(paste(datadir,"4samples_opa4.csv",sep="/"),datadir)
SNPdata


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### chunk number 4: Phenodata
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#line 86 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
pd<-read.AnnotatedDataFrame(paste(datadir,"targets.txt",sep="/"),sep="\t")
pData(SNPdata)<-cbind(pData(SNPdata),pData(pd))


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### chunk number 5: QC1
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#line 98 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
qc<-calculateQCarray(SNPdata)
data(QC.260)
plotQC(QC.260,"greenMed")


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### chunk number 6: QC2
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#line 109 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
par(mfrow=c(2,2),mar=c(4,2,1,1))
reportSamplePanelQC(QC.260,by=8)
SNPdata<-removeLowQualitySamples(SNPdata,1500,100,"OPA")


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### chunk number 7: Normalization
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#line 133 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
SNPnrm<-normalizeBetweenAlleles.SNP(SNPdata)
SNPnrm<-normalizeWithinArrays.SNP(SNPnrm,callscore=0.8,relative=TRUE,fixed=FALSE,quantilepersample=TRUE)
SNPnrm<-normalizeLoci.SNP(SNPnrm,normalizeTo=2)


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### chunk number 8: reporting
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#line 143 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
SNPnrm<-SNPnrm[featureData(SNPnrm)$CHR %in% c("4","16","17","18","19","20","X","Y"),]
reportSamplesSmoothCopyNumber(SNPnrm,normalizedTo=2,smooth.lambda=4)


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### chunk number 9: reporting2
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#line 151 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
reportSamplesSmoothCopyNumber(SNPnrm, normalizedTo=2, paintCytobands =TRUE, smooth.lambda=4,organism="hsa",sexChromosomes=TRUE)


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### chunk number 10: 
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#line 167 "vignettes/beadarraySNP/inst/doc/beadarraySNP.rnw"
toLatex(sessionInfo())