###################################################
### chunk number 1: options
###################################################
#line 36 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
options(width = 70)


###################################################
### chunk number 2: prelim
###################################################
#line 40 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
library(beadarray)


###################################################
### chunk number 3: readingTiff eval=FALSE
###################################################
## #line 52 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
## tiff <- readTIFF();
## data <- readBeadLevelTextFile();


###################################################
### chunk number 4: standardProcessing eval=FALSE
###################################################
## #line 68 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
## bg <- illuminaBackground(tiff, data[,3:4]);
## tiffSharp <- illuminaSharpen(tiff);
## fg <- illuminaForeground(tiffSharp, data[,3:4]);
## finalIntensity <- fg - bg;


###################################################
### chunk number 5: creatingObject eval=FALSE
###################################################
## #line 79 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
## BLData <- new(Class = "beadLevelData");
## BLData <- insertBeadData(BLData, array = 1, what = "Grn", data = finalIntensity)


###################################################
### chunk number 6: usingReadIllumina eval=FALSE
###################################################
## #line 88 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
## BLData <- readIllumina();
## BLData <- insertBeadData(BLData, array = 1, what = "Grn", data = finalIntensity)
## BLData <- insertBeadData(BLData, array = 1, what = "GrnLog", data = log2(finalIntensity))


###################################################
### chunk number 7: alternativeMethods eval=FALSE
###################################################
## #line 98 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
## bg <- medianBackground(tiff, data[,3:4]);


###################################################
### chunk number 8: sessionInfo
###################################################
#line 126 "vignettes/beadarray/inst/doc/ImageProcessing.rnw"
sessionInfo()