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### chunk number 1: loadVega
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#line 50 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
library(Vega)


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### chunk number 2: loadG519Data
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#line 55 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
data(G519)


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### chunk number 3: printG519Data
###################################################
#line 69 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
G519[1:16,]


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### chunk number 4: runVegaWithSexChromosomes
###################################################
#line 77 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
seg <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1:22,"X","Y"))


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### chunk number 5: runVegaChromosomes_1_and_X
###################################################
#line 85 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
seg_1X <- vega(CNVdata=G519, chromosomes=c(1,"X"))


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### chunk number 6: printResults
###################################################
#line 92 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
seg[1:5,]


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### chunk number 7: plotAllChromosomes_LRR
###################################################
#line 122 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1:22,"X","Y"), opt=0)


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### chunk number 8: PlotChromosome1_LRR
###################################################
#line 130 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=0)


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### chunk number 9: PlotChromosome1_Label
###################################################
#line 138 "vignettes/Vega/inst/doc/Vega.Rnw"
plotSegmentation(G519, seg, chromosomes=c(1), opt=1)