###################################################
### chunk number 1: setup
###################################################
#line 85 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
library(Rredland)
gofrag <- system.file("RDF/gopart.rdf", package="Rredland")


###################################################
### chunk number 2: dump
###################################################
#line 91 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
readLines(gofrag,n=10)


###################################################
### chunk number 3: seturi
###################################################
#line 99 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
gouri <- makeRedlURI( paste("file:", gofrag, sep="") )


###################################################
### chunk number 4: dored1
###################################################
#line 105 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
gof <- readRDF( gouri )
gof


###################################################
### chunk number 5: lkcls
###################################################
#line 110 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
getClass("redlModel")


###################################################
### chunk number 6: lksiz
###################################################
#line 118 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
#getRedlModelSize(model(gof))
size(gof)


###################################################
### chunk number 7: lkdf
###################################################
#line 124 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
godf <- as(gof, "data.frame")
godf[1:4,]


###################################################
### chunk number 8: lkobj
###################################################
#line 130 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
as.character(godf[1:4,3])


###################################################
### chunk number 9: bypred
###################################################
#line 136 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
bypred <- split(godf, as.character(godf$predicate))
names(bypred)
sapply(bypred, nrow)


###################################################
### chunk number 10: lktree
###################################################
#line 143 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
bypred$"http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf"[,-2]


###################################################
### chunk number 11: dobp1
###################################################
#line 151 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
bp1 <- makeRedlURI(paste("file:",system.file("RDF/biopax-level1.owl", 
   package="Rredland"),sep=""))
bp1m <- readRDF( bp1 )
size(bp1m)


###################################################
### chunk number 12: lkbp1
###################################################
#line 158 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
bp1df <- as(bp1m, "data.frame")
sapply(bp1df[1:5,], substring, 1, 70)


###################################################
### chunk number 13: defstp
###################################################
#line 166 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
strip2pound <- function(x) gsub(".*#","",cleanXSDT(as.character(x)))
sapply(bp1df[1:5,], strip2pound)


###################################################
### chunk number 14: getcl
###################################################
#line 173 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
isTypeOwlClass <- grep("owl#Class", as.character(bp1df[,3]))
strip2pound( bp1df[isTypeOwlClass,1] )


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
#line 186 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
chopLong = function(x,nword=12) {
 tvec <- strsplit(x," ")[[1]]
 ltvec <- length(tvec)
 if (ltvec %% nword != 0) {
    pad <- rep(" ", ceiling(length(tvec))*nword)
    pad[1:ltvec] <- tvec
 }
 else pad <- tvec
 ss <- matrix(pad,nr=nword)
 ss <- rbind(ss,"\n")
 paste(ss,collapse=" ")
}
 


###################################################
### chunk number 16: getcldef
###################################################
#line 200 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
getClassComment <- function(term, df, nsPref="http://www.biopax.org/release/biopax-level1.owl#",
	commPred= "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#comment", doChop=TRUE, nword=12 ) {
ind <- which( as.character(df[,1]) == paste(nsPref,term,sep="") & as.character(df[,2]) == commPred )
chopLong(cleanXSDT(as.character(bp1df[ind,3])), nword=nword)
}
cat(getClassComment("chemicalStructure", bp1df ))
cat(getClassComment("biochemicalReaction", bp1df ))


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### chunk number 17: lk2
###################################################
#line 213 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
bp2 <- makeRedlURI(paste("file:",system.file("RDF/biopax-level2.owl", 
	package="Rredland"),sep=""))
bp2m <- readRDF( bp2 )
size(bp2m)
bp2df <- as(bp2m, "data.frame")
isTypeOwlClass <- grep("owl#Class", as.character(bp2df[,3]))
strip2pound( bp2df[isTypeOwlClass,1] )


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### chunk number 18: getHum eval=FALSE
###################################################
## #line 233 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
## humu <- makeRedlURI(paste("file:","humancyc.owl",sep=""))
## humm <- readRDF( humu, storageType="bdb", storageName="hucyc")


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### chunk number 19: gethdf eval=FALSE
###################################################
## #line 250 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
## hudf <- as(humm, "data.frame")
## husubs <- as.character(hudf[,1])
## hupreds <- as.character(hudf[,2])
## huobs <- as.character(hudf[,3])
## table(hupreds)


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### chunk number 20: getnpw eval=FALSE
###################################################
## #line 259 "vignettes/Rredland/inst/doc/Rredland.Rnw"
## isPw <- grep("pathway", husubs)
## isNa <- grep("NAME", hupreds)
## isnp <- intersect(isPw, isNa)
## cleanXSDT(huobs[isnp][1:10])