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### chunk number 1: 
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#line 50 "vignettes/NuPoP/inst/doc/NuPoP-intro.Rnw"
library(NuPoP)


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### chunk number 2: 
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#line 56 "vignettes/NuPoP/inst/doc/NuPoP-intro.Rnw"
predNuPoP(system.file("extdata", "test.seq", package="NuPoP"),species=7,model=4)


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### chunk number 3: 
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#line 73 "vignettes/NuPoP/inst/doc/NuPoP-intro.Rnw"
results=readNuPoP("test.seq_Prediction4.txt",startPos=1,endPos=5000)
results[1:5,]


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 78 "vignettes/NuPoP/inst/doc/NuPoP-intro.Rnw"
plotNuPoP(results)