################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 39 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" options(width=80) ################################################### ### chunk number 2: eval=FALSE ################################################### ## #line 72 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") # Sources the biocLite.R installation script. ## biocLite("ChemmineR") # Installs the package. ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 79 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" library("ChemmineR") # Loads the package ################################################### ### chunk number 4: eval=FALSE ################################################### ## #line 82 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## library(help="ChemmineR") # Lists all functions and classes ## vignette("ChemmineR") # Opens this PDF manual from R ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 91 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" data(sdfsample) sdfset <- sdfsample sdfset # Returns summary of SDFset sdfset[1:4] # Subsetting of object sdfset[[1]] # Returns summarized content of one SDF ################################################### ### chunk number 6: eval=FALSE ################################################### ## #line 97 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## view(sdfset[1:4]) # Returns summarized content of many SDFs, not printed here ## as(sdfset[1:4], "list") # Returns complete content of many SDFs, not printed here ################################################### ### chunk number 7: eval=FALSE ################################################### ## #line 103 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfset <- read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/ ## R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf") ################################################### ### chunk number 8: eval=FALSE ################################################### ## #line 109 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## header(sdfset[1:4]) # Not printed here ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 111 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" header(sdfset[[1]]) ################################################### ### chunk number 10: eval=FALSE ################################################### ## #line 113 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## atomblock(sdfset[1:4]) # Not printed here ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 115 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" atomblock(sdfset[[1]])[1:4,] ################################################### ### chunk number 12: eval=FALSE ################################################### ## #line 117 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## bondblock(sdfset[1:4]) # Not printed here ################################################### ### chunk number 13: ################################################### #line 119 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" bondblock(sdfset[[1]])[1:4,] ################################################### ### chunk number 14: eval=FALSE ################################################### ## #line 121 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## datablock(sdfset[1:4]) # Not printed here ################################################### ### chunk number 15: ################################################### #line 123 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" datablock(sdfset[[1]])[1:4] ################################################### ### chunk number 16: ################################################### #line 128 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cid(sdfset)[1:4] # Returns IDs from SDFset object sdfid(sdfset)[1:4] # Returns IDs from SD file header block unique_ids <- makeUnique(sdfid(sdfset)) cid(sdfset) <- unique_ids ################################################### ### chunk number 17: ################################################### #line 136 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" blockmatrix <- datablock2ma(datablocklist=datablock(sdfset)) # Converts data block to matrix numchar <- splitNumChar(blockmatrix=blockmatrix) # Splits to numeric and character matrix numchar[[1]][1:2,1:2] # Slice of numeric matrix numchar[[2]][1:2,10:11] # Slice of character matrix ################################################### ### chunk number 18: ################################################### #line 146 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" propma <- data.frame(MF=MF(sdfset), MW=MW(sdfset), atomcountMA(sdfset)) propma[1:4, ] ################################################### ### chunk number 19: ################################################### #line 152 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" datablock(sdfset) <- propma datablock(sdfset[1]) ################################################### ### chunk number 20: eval=FALSE ################################################### ## #line 158 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="subset") ## # Returns summary view of matches. Not printed here. ## . ################################################### ### chunk number 21: ################################################### #line 163 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="index") ################################################### ### chunk number 22: eval=FALSE ################################################### ## #line 168 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE) ################################################### ### chunk number 23: plotstruct ################################################### #line 173 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" plot(sdfset[1:4], print=FALSE) # Plots structures to R graphics device ################################################### ### chunk number 24: eval=FALSE ################################################### ## #line 177 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf.visualize(sdfset[1:4]) # Compound viewing in web browser ################################################### ### chunk number 25: eval=FALSE ################################################### ## #line 188 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## apset <- sdf2ap(sdfset) ## # Generate atom pair descriptor database for searching ## . ################################################### ### chunk number 26: ################################################### #line 193 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" data(apset) # Load sample apset data provided by library. cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) # Search apset database with single compound. cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5), quiet=TRUE)[1:4,] # Binning clustering using variable similarity cutoffs. ################################################### ### chunk number 27: eval=FALSE ################################################### ## #line 291 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfset <- read.SDFset("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/ ## R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf") ################################################### ### chunk number 28: ################################################### #line 295 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" data(sdfsample) # Loads the same SDFset provided by the library sdfset <- sdfsample valid <- validSDF(sdfset) # Identifies invalid SDFs in SDFset objects sdfset <- sdfset[valid] # Removes invalid SDFs, if there are any ################################################### ### chunk number 29: eval=FALSE ################################################### ## #line 303 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfstr <- read.SDFstr("http://faculty.ucr.edu/~tgirke/Documents/ ## R_BioCond/Samples/sdfsample.sdf") ################################################### ### chunk number 30: ################################################### #line 308 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" sdfstr <- as(sdfset, "SDFstr") sdfstr as(sdfstr, "SDFset") ################################################### ### chunk number 31: eval=FALSE ################################################### ## #line 317 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf") ################################################### ### chunk number 32: eval=FALSE ################################################### ## #line 322 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE, db=NULL) ################################################### ### chunk number 33: eval=FALSE ################################################### ## #line 327 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## props <- data.frame(MF=MF(sdfset), MW=MW(sdfset), atomcountMA(sdfset)) ## datablock(sdfset) <- props ## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE) ################################################### ### chunk number 34: eval=FALSE ################################################### ## #line 334 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf2str(sdf=sdfset[[1]], sig=TRUE, cid=TRUE) ## # Uses default components ## sdf2str(sdf=sdfset[[1]], head=letters[1:4], db=NULL) ## # Uses custom components for header and data block ################################################### ### chunk number 35: eval=FALSE ################################################### ## #line 342 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## write.SDF(sdfset[1:4], file="sub.sdf", sig=TRUE, cid=TRUE, db=NULL) ## write.SDF(sdfstr[1:4], file="sub.sdf") ## cat(unlist(as(sdfstr[1:4], "list")), file="sub.sdf", sep="\n") ################################################### ### chunk number 36: eval=FALSE ################################################### ## #line 352 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## view(sdfset[1:4]) # Summary view of several molecules ## length(sdfset) # Returns number of molecules ## sdfset[[1]] # Returns single molecule from SDFset as SDF object ## sdfset[[1]][[2]] # Returns atom block from first compound as matrix ## sdfset[[1]][[2]][1:4,] ## c(sdfset[1:4], sdfset[5:8]) # Concatenation of several SDFsets ################################################### ### chunk number 37: eval=FALSE ################################################### ## #line 362 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## grepSDFset("650001", sdfset, field="datablock", mode="subset") ## # To return index, set mode="index") ## . ################################################### ### chunk number 38: eval=FALSE ################################################### ## #line 369 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfid(sdfset[1:4]) ## # Retrieves CMP IDs from Molecule Name field in header block. ## cid(sdfset[1:4]) ## # Retrieves CMP IDs from ID slot in SDFset. ## unique_ids <- makeUnique(sdfid(sdfset)) ## # Creates unique IDs by appending a counter to duplicates. ## cid(sdfset) <- unique_ids # Assigns uniquified IDs to ID slot ################################################### ### chunk number 39: eval=FALSE ################################################### ## #line 380 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## view(sdfset[c("650001", "650012")]) ## view(sdfset[4:1]) ## mylog <- cid(sdfset) %in% c("650001", "650012") ## view(sdfset[mylog]) ################################################### ### chunk number 40: eval=FALSE ################################################### ## #line 388 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## atomblock(sdf); sdf[[2]]; sdf[["atomblock"]] ## # All three methods return the same component ## header(sdfset[1:4]) ## atomblock(sdfset[1:4]) ## bondblock(sdfset[1:4]) ## datablock(sdfset[1:4]) ## header(sdfset[[1]]) ## atomblock(sdfset[[1]]) ## bondblock(sdfset[[1]]) ## datablock(sdfset[[1]]) ################################################### ### chunk number 41: eval=FALSE ################################################### ## #line 402 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfset[[1]][[2]][1,1] <- 999 ## atomblock(sdfset)[1] <- atomblock(sdfset)[2] ## datablock(sdfset)[1] <- datablock(sdfset)[2] ################################################### ### chunk number 42: eval=FALSE ################################################### ## #line 409 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## datablock(sdfset) <- as.matrix(iris[1:100,]) ## view(sdfset[1:4]) ################################################### ### chunk number 43: eval=FALSE ################################################### ## #line 415 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## as(sdfstr[1:2], "list") ## as(sdfstr[[1]], "SDF") ## as(sdfstr[1:2], "SDFset") ################################################### ### chunk number 44: eval=FALSE ################################################### ## #line 422 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdfcomplist <- as(sdf, "list") ## sdfcomplist <- as(sdfset[1:4], "list"); as(sdfcomplist[[1]], "SDF") ## sdflist <- as(sdfset[1:4], "SDF"); as(sdflist, "SDFset") ## as(sdfset[[1]], "SDFstr") ## as(sdfset[[1]], "SDFset") ################################################### ### chunk number 45: eval=FALSE ################################################### ## #line 431 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## as(sdfset[1:4], "SDF") ## as(sdfset[1:4], "list") ## as(sdfset[1:4], "SDFstr") ################################################### ### chunk number 46: boxplot ################################################### #line 441 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" propma <- atomcountMA(sdfset, addH=FALSE) boxplot(propma, col="blue", main="Atom Frequency") ################################################### ### chunk number 47: eval=FALSE ################################################### ## #line 446 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## boxplot(rowSums(propma), main="All Atom Frequency") ################################################### ### chunk number 48: ################################################### #line 451 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" data(atomprop) atomprop[1:4,] ################################################### ### chunk number 49: ################################################### #line 457 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" MW(sdfset[1:4], addH=FALSE) MF(sdfset[1:4], addH=FALSE) ################################################### ### chunk number 50: ################################################### #line 463 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" groups(sdfset[1:4], groups="fctgroup", type="countMA") ################################################### ### chunk number 51: ################################################### #line 468 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" propma <- data.frame(MF=MF(sdfset, addH=FALSE), MW=MW(sdfset, addH=FALSE), Ncharges=sapply(bonds(sdfset, type="charge"), length), atomcountMA(sdfset, addH=FALSE), groups(sdfset, type="countMA"), rings(sdfset, upper=6, type="count", arom=TRUE)) propma[1:4,] ################################################### ### chunk number 52: eval=FALSE ################################################### ## #line 478 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## datablock(sdfset) <- propma # Works with all SDF components ## datablock(sdfset)[1:4] ## test <- apply(propma[1:4,], 1, function(x) data.frame(col=colnames(propma), value=x)) ## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra = test) ################################################### ### chunk number 53: eval=FALSE ################################################### ## #line 486 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_NIST_INCHI") ## datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_OPENEYE_CAN_SMILES") ################################################### ### chunk number 54: eval=FALSE ################################################### ## #line 492 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## blockmatrix <- datablock2ma(datablocklist=datablock(sdfset)) ## # Converts data block to matrix ## numchar <- splitNumChar(blockmatrix=blockmatrix) ## # Splits matrix to numeric matrix and character matrix ## numchar[[1]][1:4,]; numchar[[2]][1:4,] ## # Splits matrix to numeric matrix and character matrix ## . ################################################### ### chunk number 55: contable eval=FALSE ################################################### ## #line 505 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## conMA(sdfset[1:2], exclude=c("H")) ## # Create bond matrix for first two molecules in sdfset ## conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H")) ## # Return bond matrix for first molecule ## plot(sdfset[1], atomnum = TRUE, noHbonds=FALSE , no_print_atoms = "", atomcex=0.8) ## # Plot its structure with atom numbering ## rowSums(conMA(sdfset[[1]], exclude=c("H"))) ## # Return number of non-H bonds for each atom ## . ################################################### ### chunk number 56: ################################################### #line 521 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" bonds(sdfset[[1]], type="bonds")[1:4,] bonds(sdfset[1:2], type="charge") bonds(sdfset[1:2], type="addNH") ################################################### ### chunk number 57: ################################################### #line 534 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" rings(sdfset[1], upper=Inf, type="all", arom=FALSE, inner=FALSE) ################################################### ### chunk number 58: ################################################### #line 538 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" plot(sdfset[1], print=FALSE, atomnum=TRUE, no_print_atoms="H") ################################################### ### chunk number 59: ################################################### #line 543 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" rings(sdfset[1], upper=Inf, type="all", arom=TRUE, inner=FALSE) ################################################### ### chunk number 60: ################################################### #line 548 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" rings(sdfset[1], upper=6, type="arom", arom=TRUE, inner=FALSE) ################################################### ### chunk number 61: ################################################### #line 553 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" rings(sdfset[1:4], upper=Inf, type="count", arom=TRUE, inner=TRUE) ################################################### ### chunk number 62: plotstruct2 ################################################### #line 563 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" data(sdfsample); sdfset <- sdfsample plot(sdfset[1:4], print=FALSE) # 'print=TRUE' returns SDF summaries ################################################### ### chunk number 63: eval=FALSE ################################################### ## #line 569 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## plot(sdfset[1:4], griddim=c(2,2), print_cid=letters[1:4], print=FALSE, ## noHbonds=FALSE) ################################################### ### chunk number 64: plotstruct3 ################################################### #line 573 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" plot(sdfset["CMP1"], atomnum = TRUE, noHbonds=F , no_print_atoms = "", atomcex=0.8, sub=paste("MW:", MW(sdfsample["CMP1"])), print=FALSE) ################################################### ### chunk number 65: eval=FALSE ################################################### ## #line 584 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf.visualize(sdfset[1:4]) ################################################### ### chunk number 66: eval=FALSE ################################################### ## #line 595 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=month.name[1:4]) ################################################### ### chunk number 67: eval=FALSE ################################################### ## #line 600 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## extra <- apply(propma[1:4,], 1, function(x) ## data.frame(Property=colnames(propma), Value=x)) ## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=extra) ################################################### ### chunk number 68: eval=FALSE ################################################### ## #line 607 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf.visualize(sdfset[1:4], extra=bondblock(sdfset[1:4])) ################################################### ### chunk number 69: ################################################### #line 618 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ap <- sdf2ap(sdfset[[1]]) # For single compound ap ################################################### ### chunk number 70: eval=FALSE ################################################### ## #line 621 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## apset <- sdf2ap(sdfset) # For many compounds. ################################################### ### chunk number 71: ################################################### #line 623 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" view(apset[1:4]) ################################################### ### chunk number 72: eval=FALSE ################################################### ## #line 628 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## cid(apset[1:4]) # Compound IDs ## ap(apset[1:4]) # Atom pair descriptors ## db.explain(apset[1]) # Return atom pairs in human readable format ################################################### ### chunk number 73: eval=FALSE ################################################### ## #line 635 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## apset2descdb(apset) # Returns old list-style AP database ## tmp <- as(apset, "list") # Returns list ## as(tmp, "APset") # Converts list back to APset ################################################### ### chunk number 74: eval=FALSE ################################################### ## #line 645 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## save(sdfset, file = "sdfset.rda", compress = TRUE) ## load("sdfset.rda") ## save(apset, file = "apset.rda", compress = TRUE) ## load("apset.rda") ################################################### ### chunk number 75: ################################################### #line 654 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cmp.similarity(apset[1], apset[2]) cmp.similarity(apset[1], apset[1]) ################################################### ### chunk number 76: ################################################### #line 663 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cid(sdfset) <- sdfid(sdfset) fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=1) fpset <- fp2bit(x=sdfset, type=2) ################################################### ### chunk number 77: ################################################### #line 670 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" fpSim(x=fpset[1,], y=fpset[2,]) ################################################### ### chunk number 78: ################################################### #line 676 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cmp.search(apset, apset["650065"], type=3, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) ################################################### ### chunk number 79: ################################################### #line 680 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cmp.search(apset, apset["650065"], type=1, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) cmp.search(apset, apset["650065"], type=2, cutoff = 0.3, quiet=TRUE) ################################################### ### chunk number 80: ################################################### #line 687 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" fpSim(x=fpset["650065",], y=fpset)[1:6] # x is query and y is fingerprint database ################################################### ### chunk number 81: search_result ################################################### #line 695 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cid(sdfset) <- cid(apset) # Assure compound name consistency among objects. plot(sdfset[names(cmp.search(apset, apset["650065"], type=2, cutoff=4, quiet=TRUE))], print=FALSE) ################################################### ### chunk number 82: eval=FALSE ################################################### ## #line 702 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## similarities <- cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff = 10) ## sdf.visualize(sdfset[similarities[,1]], extra=similarities[,3]) ################################################### ### chunk number 83: ################################################### #line 716 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cmp.duplicated(apset, type=1)[1:4] # Returns AP duplicates as logical vector cmp.duplicated(apset, type=2)[1:4,] # Returns AP duplicates as data frame ################################################### ### chunk number 84: duplicates ################################################### #line 722 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" plot(sdfset[c("650059","650060", "650065", "650066")], print=FALSE) ################################################### ### chunk number 85: ################################################### #line 727 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" apdups <- cmp.duplicated(apset, type=1) sdfset[which(!apdups)]; apset[which(!apdups)] ################################################### ### chunk number 86: ################################################### #line 738 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_NIST_INCHI")) count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_OPENEYE_CAN_SMILES")) count <- table(datablocktag(sdfset, tag="PUBCHEM_MOLECULAR_FORMULA")) count[1:4] ################################################### ### chunk number 87: ################################################### #line 772 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" clusters <- cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5, 0.4), quiet = TRUE) clusters[1:4,] ################################################### ### chunk number 88: ################################################### #line 778 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" cluster.sizestat(clusters, cluster.result=1) cluster.sizestat(clusters, cluster.result=2) cluster.sizestat(clusters, cluster.result=3) ################################################### ### chunk number 89: eval=FALSE ################################################### ## #line 785 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## clusters <- cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5, 0.3), ## save.distances="distmat.rda") ## # Saves distance matrix to file "distmat.rda" in current working directory. ## load("distmat.rda") # Loads distance matrix. ################################################### ### chunk number 90: eval=FALSE ################################################### ## #line 801 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## cluster.visualize(apset, clusters, size.cutoff=2, quiet = TRUE) ## # Color codes clusters with at least two members. ## cluster.visualize(apset, clusters, quiet = TRUE) # Plots all items. ################################################### ### chunk number 91: mds_scatter ################################################### #line 808 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" library(scatterplot3d) coord <- cluster.visualize(apset, clusters, size.cutoff=1, dimensions=3, quiet=TRUE) scatterplot3d(coord) ################################################### ### chunk number 92: eval=FALSE ################################################### ## #line 815 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## library(rgl) ## rgl.open(); offset <- 50; par3d(windowRect=c(offset, offset, 640+offset, 640+offset)) ## rm(offset); rgl.clear(); rgl.viewpoint(theta=45, phi=30, fov=60, zoom=1) ## spheres3d(coord[,1], coord[,2], coord[,3], radius=0.03, color=coord[,4], alpha=1, ## shininess=20); aspect3d(1, 1, 1) ## axes3d(col='black'); title3d("", "", "", "", "", col='black'); bg3d("white") ## # To save a snapshot of the graph, one can use the command rgl.snapshot("test.png"). ################################################### ### chunk number 93: mds_scatter ################################################### #line 831 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" dummy <- cmp.cluster(db=apset, cutoff=0, save.distances="distmat.rda", quiet=TRUE) load("distmat.rda") ################################################### ### chunk number 94: hclust ################################################### #line 837 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" hc <- hclust(as.dist(distmat), method="single") hc[["labels"]] <- cid(apset) # Assign correct item labels plot(as.dendrogram(hc), edgePar=list(col=4, lwd=2), horiz=T) ################################################### ### chunk number 95: fp_hclust eval=FALSE ################################################### ## #line 844 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## simMA <- sapply(rownames(fpset), function(x) fpSim(x=fpset[x,], fpset)) ## hc <- hclust(as.dist(simMA), method="single") ## plot(as.dendrogram(hc), edgePar=list(col=4, lwd=2), horiz=TRUE) ################################################### ### chunk number 96: heatmap ################################################### #line 851 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" library(gplots) heatmap.2(1-distmat, Rowv=as.dendrogram(hc), Colv=as.dendrogram(hc), col=colorpanel(40, "darkblue", "yellow", "white"), density.info="none", trace="none") ################################################### ### chunk number 97: getIds eval=FALSE ################################################### ## #line 868 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## compounds <- getIds(c(111,123)) ## compounds ################################################### ### chunk number 98: getIds eval=FALSE ################################################### ## #line 883 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## compounds <- searchString("CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O") ## compounds ################################################### ### chunk number 99: getIds eval=FALSE ################################################### ## #line 895 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## data(sdfsample); sdfset <- sdfsample[1] ## compounds <- searchSim(sdfset) ## compounds ################################################### ### chunk number 100: sdf2smiles eval=FALSE ################################################### ## #line 909 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## data(sdfsample); sdfset <- sdfsample[1] ## smiles <- sdf2smiles(sdfset) ## smiles ################################################### ### chunk number 101: smiles2sdf eval=FALSE ################################################### ## #line 917 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" ## sdf <- smiles2sdf("CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O\tname") ## view(sdf) ################################################### ### chunk number 102: sessionInfo ################################################### #line 928 "vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.Rnw" sessionInfo()