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### chunk number 1: 
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  library(segmentSeq)


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### chunk number 2:  eval=FALSE
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##   library(snow)
## cl <- makeCluster(4, "SOCK")


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### chunk number 3: 
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  cl <- NULL


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### chunk number 4: 
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chrlens <- c(1e6, 5e5)

datadir <- system.file("data", package = "segmentSeq")
libfiles <- c("SL9.txt", "SL10.txt", "SL26.txt", "SL32.txt")
libnames <- c("SL9", "SL10", "SL26", "SL32")
replicates <- c(1,1,2,2)

aD <- processTags(libfiles, dir = datadir, replicates, libnames, chrlens, chrs = c(">Chr1", ">Chr2"), header = TRUE)

aD


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### chunk number 5: 
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sD <- processAD(aD, maxgaplen = 500, cl = cl)

sD


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### chunk number 6: 
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  sDP <- getPriors(sD, type = "Pois", samplesize = 100, perSE = 0.5, maxit = 1000, cl = cl)


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### chunk number 7: 
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simSegs <- similaritySeg(sDP, pcut = 0.1, estimatePriors = FALSE, verbose = TRUE, cl = cl)


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### chunk number 8: 
###################################################
  simSegs


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### chunk number 9: segPlot
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plotGenome(aD, simSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5))


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### chunk number 10: figSeg
###################################################
plotGenome(aD, simSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5))