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### chunk number 1: initial
###################################################
require(netresponse)
data(toydata)
D <- toydata$emat
netw <- toydata$netw


###################################################
### chunk number 2: detect
###################################################
model <- detect.responses(D, netw, verbose = FALSE)
model@datamatrix <- D # FIXME


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### chunk number 3: stat
###################################################
stat <- result.stats(model) 
stat


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### chunk number 4: getsubnets
###################################################
get.subnets(model)


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### chunk number 5: getsubnets2
###################################################
get.subnets(model, stat = stat, min.size = 2, min.responses = 2)


###################################################
### chunk number 6: resp
###################################################
subnet.id <- 'Subnet-2'
response2sample(model, subnet.id)


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### chunk number 7: pars
###################################################
pars <- get.model.parameters(model, subnet.id) # model parameters
pars


###################################################
### chunk number 8: probs
###################################################
response.probabilities <- sample2response(model, subnet.id)


###################################################
### chunk number 9: details
###################################################
sessionInfo()