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### chunk number 1: 
###################################################
options(width=75)
set.seed(0)
library(farms)
library(utils)
farmsVer<-packageDescription("farms")$Version


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### chunk number 2: 
###################################################
library(farms)
library(affydata)


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### chunk number 3: 
###################################################
data(Dilution)
eset<-qFarms(Dilution)  
INIs <- INIcalls(eset)  # apply I/NI calls
summary(INIs)   
I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only  informative probe sets
I_data 


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
  plot(INIs)  # draws a density plot of I/NI-calls


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### chunk number 5: 
###################################################
eset<-qFarms(Dilution, laplacian=TRUE)  
INIs <- INIcalls(eset)  # apply I/NI calls
summary(INIs)   
I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only  informative probe sets
I_data 


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
  plot(INIs)  # draws a density plot of I/NI-calls