###################################################
### chunk number 1: doini
###################################################
library(GGtools)
data(hmceuB36.2021)
hmceuB36.2021


###################################################
### chunk number 2: lkex
###################################################
exprs(hmceuB36.2021)[1:5,1:5]


###################################################
### chunk number 3: lksn
###################################################
names(smList(hmceuB36.2021))
smList(hmceuB36.2021)[1:2]
class(smList(hmceuB36.2021)[["20"]])


###################################################
### chunk number 4: lkr
###################################################
schunk = smList(hmceuB36.2021)[["20"]]
schunk@.Data[1:4,1:4]


###################################################
### chunk number 5: lkr2
###################################################
as(schunk[1:4,1:4], "character")


###################################################
### chunk number 6: dod
###################################################
pd = pData(hmceuB36.2021)
hmFou = hmceuB36.2021[, which(pd$mothid == 0 & pd$fathid == 0)]
library(illuminaHumanv1.db)
pc = get("CPNE1", revmap(illuminaHumanv1SYMBOL))
hmFouc = hmFou[probeId(pc),]
hmFouc
system("rm -rf foo")
f1 = eqtlTests(hmFouc[chrnum("20"),], ~male)
f1


###################################################
### chunk number 7: lkd
###################################################
dir("foo")


###################################################
### chunk number 8: getd
###################################################
nn = getNamedLocs(slpack= "SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427", chr="ch20")
library(GenomicRanges)
gg = getGRanges( f1, 1, 1, "ch20", nn )
gg[1:3,]


###################################################
### chunk number 9: lkb eval=FALSE
###################################################
## if (interactive()) {
## s1 = browserSession()
## rd = RangedData(gg)
## genome(rd) = "hg18"
## s1[["CPNE1"]] = rd
## v1 = browserView(s1, GenomicRanges(33.5e6,34.5e6, "chr20"), track=ucscTrackModes(hide="knownGene", full=c("refGene", "CPNE1")))
## }


###################################################
### chunk number 10: getr eval=FALSE
###################################################
## data(imphm3_1KG_20_mA2)
## imphm3_1KG_20_mA2[1:10]


###################################################
### chunk number 11: doi eval=FALSE
###################################################
## try(system("rm -rf icpne1"))
## if1 = ieqtlTests(hmFouc[chrnum("chr20"),], ~male, targdir="icpne1",
##      runname="icpne1",
##      rules=imphm3_1KG_20_mA2)


###################################################
### chunk number 12: lkn1 eval=FALSE
###################################################
## length(GGtools:::snpIdList(f1)[[1]])


###################################################
### chunk number 13: lki1 eval=FALSE
###################################################
## length(GGtools:::snpIdList(if1)[[1]])


###################################################
### chunk number 14: getnm eval=FALSE
###################################################
## library(ceu1kg)
## data(ceu1kgMeta_20)
## inn = start(ceu1kgMeta_20)
## names(inn) = names(ceu1kgMeta_20)
## igg = getGRanges( if1, 1, 1, "chr20", inn)


###################################################
### chunk number 15: lkd eval=FALSE
###################################################
## library(rtracklayer)
## s1 = browserSession()
## genome(rd) = "hg18"
## s1[["CPNE1"]] = rd
## ird = RangedData(igg)
## genome(ird) = "hg18"
## s1[["ICPNE1"]] = ird
## v1 = browserView(s1, GenomicRanges(33.5e6,34.5e6, "chr20"), 
##    track=ucscTrackModes(hide="knownGene", 
##    full=c("refGene", "CPNE1", "ICPNE1")))


###################################################
### chunk number 16: lkmach eval=FALSE
###################################################
## data(m20)
## as(m20, "numeric")[1:10,1:8]


###################################################
### chunk number 17: getcc eval=FALSE
###################################################
## c20obs = smList(hmFouc)[[20]]
## c20obs


###################################################
### chunk number 18: geti eval=FALSE
###################################################
## unix.time(c20imp <- impute.snps( imphm3_1KG_20_mA2, c20obs ))
## c20imp[1:5,1:5]


###################################################
### chunk number 19: lkcom eval=FALSE
###################################################
## C20D = m20[, intersect(colnames(m20), colnames(c20imp))]
## R20D = c20imp[, intersect(colnames(m20), colnames(c20imp))]
## oksnp = intersect(rownames(C20D), rownames(R20D))
## length(oksnp)
## C20D = C20D[oksnp,]
## R20D = R20D[oksnp,]


###################################################
### chunk number 20: lkim eval=FALSE
###################################################
## length(mimp <- setdiff(colnames(m20), colnames(c20obs)))


###################################################
### chunk number 21: domon eval=FALSE
###################################################
## news = m20[, mimp ]
## vn = apply(news, 2, var)
## sum(vn==0)
## sum(vn < 0.01)


###################################################
### chunk number 22: ex eval=FALSE
###################################################
## table(as(news[ ,vn > 0 & vn < 0.01 ][,1], "character"))


###################################################
### chunk number 23: lkn eval=FALSE
###################################################
## if (.Platform$OS.type != "windows" ) {
## notreg = colnames(c20imp)[ which(apply(c20imp,2,function(x)all(is.na(x)))) ]
## inmachNR = intersect( mimp, notreg )
## length(inmachNR)
## m20[1:10,inmachNR[1:5]]
## table(as(m20[,inmachNR[1]],"character"))
## table(as(m20[,inmachNR[2]],"character"))
## library(ceu1kg)
## if (!exists("ceu1kg.sml")) data(ceu1kg.sml)
## rawc20 = ceu1kg.sml[[20]]
## table(as(rawc20[,"chr20:35790"], "character"))
## table(as(rawc20[,"chr20:36155"], "character"))
## }


###################################################
### chunk number 24: lkm eval=FALSE
###################################################
## if (.Platform$OS.type != "windows" ) {
## MbutNR = c("chr20:35790", "chr20:36155")
## Y = rawc20[, MbutNR, drop=FALSE]
## X = rawc20[, -match(MbutNR, colnames(rawc20)), drop=FALSE]
## data(ceu1kgMeta_20)
## NL = start(ceu1kgMeta_20)
## names(NL) = names(ceu1kgMeta_20)
## LOCX = NL[ colnames(X) ]
## length(LOCX)
## LOCY = NL[ colnames(Y) ]
## imm = snp.imputation( X, Y, LOCX, LOCY, minA=2 )
## imm
## imm1 = snp.imputation( X, Y, LOCX, LOCY, minA=1 )
## imm1
## }


###################################################
### chunk number 25: lkimm1 eval=FALSE
###################################################
## if (.Platform$OS.type != "windows" ) {
## ii = impute.snps(imm1, rawc20)
## apply(ii,2,table)
## }