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### chunk number 1: CGHnormaliterPackage
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options(keep.source=TRUE)
CGHnormaliterPackage <- packageDescription("CGHnormaliter")


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### chunk number 2: loadData
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library(CGHnormaliter)
data(Leukemia)


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### chunk number 3: runCGHnormaliter
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result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=3)


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### chunk number 4: accessResults
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normalized.data <- copynumber(result)
segmented.data <- segmented(result)
called.data <- calls(result)


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### chunk number 5: plotCommand
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plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)


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### chunk number 6: callFigure
###################################################
plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1)


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### chunk number 7: saveNormalizedData
###################################################
CGHnormaliter.write.table(result)


###################################################
### chunk number 8: saveOtherData
###################################################
CGHnormaliter.write.table(result, data.type="segmented")
CGHnormaliter.write.table(result, data.type="called")