################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(ACME) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### datdir <- system.file('extdata',package='ACME') fnames <- dir(datdir) example.agff <- read.resultsGFF(fnames,path=datdir) example.agff ################################################### ### chunk number 3: ################################################### calc <- do.aGFF.calc(example.agff,window=1000,thresh=0.95) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### plot(calc,chrom='chr1',sample=1) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### regs <- findRegions(calc) regs[1:5,] ################################################### ### chunk number 6: ################################################### # write both calculated values and raw data write.sgr(calc) # OR write only calculated data write.sgr(calc,raw=FALSE)