################################################### ### chunk number 1: ################################################### library(RankProd) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### data(arab) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### n <- 5 cl <- rep(1,5) cl ################################################### ### chunk number 4: ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl ################################################### ### chunk number 5: ################################################### n1 <- 5 n2 <- 4 cl <- rep(c(0,1),c(n1,n2)) cl origin <- rep(1, n1+n2) origin ################################################### ### chunk number 6: ################################################### n <- 9 cl <- rep(1,n) cl origin <- rep(1, n) origin ################################################### ### chunk number 7: ################################################### origin <- c(rep(1, 6), rep(2,4), rep(3,8)) origin ################################################### ### chunk number 8: ################################################### colnames(arab) arab.cl arab.origin ################################################### ### chunk number 9: ################################################### arab.sub <- arab[,which(arab.origin==1)] arab.cl.sub <- arab.cl[which(arab.origin==1)] arab.origin.sub <- arab.origin[which(arab.origin==1)] ################################################### ### chunk number 10: ################################################### RP.out <- RP(arab.sub,arab.cl.sub, num.perm=100, logged=TRUE, na.rm=FALSE,plot=FALSE, rand=123) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### plotRP(RP.out, cutoff=0.05) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,method="pfp",logged=TRUE,logbase=2,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### chunk number 13: ################################################### ##identify differentially expressed genes RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### chunk number 14: ################################################### plotRP(RP.adv.out, cutoff=0.05) ################################################### ### chunk number 15: ################################################### data(lymphoma) ################################################### ### chunk number 16: ################################################### refrs <- (1:8)*2-1 samps <- (1:8)*2 M <- lym.exp[,samps]-lym.exp[,refrs] colnames(M) cl <- c(rep(0,4),rep(1,4)) cl #"CLL" is class 1, and "DLCL" is class 2 RP.out <- RP(M,cl, logged=TRUE, rand=123) ################################################### ### chunk number 17: ################################################### topGene(RP.out,cutoff=0.05,logged=TRUE,logbase=exp(1)) ################################################### ### chunk number 18: ################################################### arab.cl2 <- arab.cl arab.cl2[arab.cl==0 &arab.origin==2] <- 1 arab.cl2[arab.cl==1 &arab.origin==2] <- 0 arab.cl2 ################################################### ### chunk number 19: ################################################### Rsum.adv.out <- RSadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) topGene(Rsum.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### topGene(Rsum.adv.out,num.gene=10,gene.names=arab.gnames) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### plotRP(Rsum.adv.out,cutoff=0.05) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### RP.adv.out <- RPadvance(arab,arab.cl2,arab.origin,num.perm=100, logged=TRUE,gene.names=arab.gnames,rand=123) ################################################### ### chunk number 23: ################################################### topGene(RP.adv.out,cutoff=0.05,gene.names=arab.gnames)