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### chunk number 1: 
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library(ChIPpeakAnno)
data(myPeakList)
data(TSS.human.NCBI36)
annotatedPeak = annotatePeakInBatch(myPeakList[1:6,], AnnotationData=TSS.human.NCBI36)
as.data.frame(annotatedPeak)


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### chunk number 2: 
###################################################
myPeak1 = RangedData(IRanges(start=c(967654, 2010897, 2496704, 3075869, 3123260 ,3857501,201089), end= c(967754, 2010997, 2496804, 3075969, 3123360 ,3857601,201089),names=c("Site1", "Site2", "Site3", "Site4", "Site5", "Site6", "site7")), space=c("1", "2", "3", "4", "5", "6","2"))

TFbindingSites = RangedData(IRanges(start=c(967659, 2010898, 2496700, 3075866, 3123260 ,3857500, 96765, 201089, 249670, 307586, 312326 ,385750), end=c(967869, 2011108, 2496920,3076166,3123470,3857780, 96985, 201299, 249890, 307796,312586,385960), names=c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5", "t6","t7", "t8", "t9", "t10", "t11", "t12")), space=c("1", "2", "3", "4", "5", "6","1", "2", "3", "4", "5", "6"), strand=
c(1,1,1,1,1,1,-1,-1,-1,-1,-1,-1))
annotatedPeak2 = annotatePeakInBatch(myPeak1, AnnotationData=TFbindingSites)
as.data.frame(annotatedPeak2)


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### chunk number 3: 
###################################################
peaks = RangedData(IRanges(start=c(100, 500), end=c(300, 600), names=c("peak1", "peak2")), space=c("NC_008253", "NC_010468"))
library(BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805)
peaksWithSequences = getAllPeakSequence(peaks, upstream = 20,
	downstream = 20, genome = Ecoli)


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### chunk number 4: 
###################################################
write2FASTA(peaksWithSequences)


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### chunk number 5: 
###################################################
data(enrichedGO)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
enrichedGO$bp[1:6,]


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
enrichedGO$mf[1:6,]


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
enrichedGO$cc


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
sessionInfo()