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### chunk number 1: bus
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options(keep.source = TRUE, width = 60)
bus <- packageDescription("BUS")


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### chunk number 2: association.genes
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library(BUS)
#.libPaths("picb/home52/liuyuanhua/Library/R/2.8/library")
library(minet)
data(copasi)
mat=as.matrix(copasi)[1:5,]
BUS(EXP=mat,measure="MI",method.correct="both",n.replica=50,net.trim="aracne",thresh=0.05,nflag=1)


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### chunk number 3: association.genes.traits
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library(BUS)
data(copasi)
mat=as.matrix(copasi)[1:5,]
gt<-matrix(rnorm(200),2,100)
BUS(EXP=mat,trait=gt,measure="corr",method.correct="both",nflag=2)