### R code from vignette source 'vignettes/inveRsion/inst/doc/inveRsion.Rnw'

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### code chunk number 1: inveRsion.Rnw:42-43
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library(inveRsion)


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### code chunk number 2: inveRsion.Rnw:49-50
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hap <- system.file("extdata", "haplotypesROI.txt", package = "inveRsion")


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### code chunk number 3: inveRsion.Rnw:56-58
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hapCode<-codeHaplo(blockSize=5,file=hap,
                                        minAllele=0.3,saveRes=TRUE)


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### code chunk number 4: inveRsion.Rnw:68-71
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window<-0.5
scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=TRUE)
scanRes


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### code chunk number 5: inveRsion.Rnw:76-77
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plot(scanRes,which="b",thBic=-Inf)


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### code chunk number 6: inveRsion.Rnw:85-87
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invList<-listInv(scanRes,hapCode=hapCode,geno=FALSE,all=FALSE,thBic=0)
invList


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### code chunk number 7: inveRsion.Rnw:91-93
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r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,bin=FALSE,geno=FALSE)
r[1:10]


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### code chunk number 8: inveRsion.Rnw:98-99
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plot(invList,wROI=1)


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### code chunk number 9: inveRsion.Rnw:106-108
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r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,geno=TRUE)
r[1:10,]


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### code chunk number 10: inveRsion.Rnw:112-115
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mem <- system.file("extdata", "mem.txt", package = "inveRsion")
ac<-accBic(invList,classFile=mem,nsub=1000,npoints=10)
ac


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### code chunk number 11: inveRsion.Rnw:118-120
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r<-getClassif(invList,thBic=2000, wROI=1,geno=TRUE)
r[1:10,]