### R code from vignette source 'vignettes/frma/inst/doc/frma.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: frma.Rnw:67-68 ################################################### library(frma) ################################################### ### code chunk number 2: frma.Rnw:71-74 ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="median_polish") ################################################### ### code chunk number 3: frma.Rnw:91-92 ################################################### library(frma) ################################################### ### code chunk number 4: frma.Rnw:95-98 ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample, summarize="robust_weighted_average") ################################################### ### code chunk number 5: frma.Rnw:115-116 ################################################### ##library(frma) ################################################### ### code chunk number 6: frma.Rnw:119-122 ################################################### ##library(frmaExampleData) ##data(AffyBatchExample) ##object <- frma(AffyBatchExample, summarize="random_effect") ################################################### ### code chunk number 7: frma.Rnw:128-129 ################################################### e <- exprs(object) ################################################### ### code chunk number 8: frma.Rnw:232-233 ################################################### library(frma) ################################################### ### code chunk number 9: frma.Rnw:236-239 ################################################### library(frmaExampleData) data(AffyBatchExample) object <- frma(AffyBatchExample) ################################################### ### code chunk number 10: frma.Rnw:242-243 ################################################### bc <- barcode(object)