### R code from vignette source 'vignettes/NuPoP/inst/doc/NuPoP-intro.Rnw'

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### code chunk number 1: NuPoP-intro.Rnw:49-50
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library(NuPoP)


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### code chunk number 2: NuPoP-intro.Rnw:55-56
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predNuPoP(system.file("extdata", "test.seq", package="NuPoP"),species=7,model=4)


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### code chunk number 3: NuPoP-intro.Rnw:72-74
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results=readNuPoP("test.seq_Prediction4.txt",startPos=1,endPos=5000)
results[1:5,]


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### code chunk number 4: NuPoP-intro.Rnw:77-78
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plotNuPoP(results)